La Autoridad Portuaria de Pasaia, en cuanto a materia de régimen de personal y retribuciones, está regulada en el capítulo VI “Régimen de recursos humanos” del Texto Refundido de la Ley de Puertos del Estado y de la Marina Mercante, aprobado por Real Decreto Legislativo 2/2011 de 5 de septiembre.

Tienen consideración de altos cargos “…los Presidentes y Directores de las Autoridades portuarias…” según la Ley 3/2015, de 30 de marzo, reguladora del ejercicio de alto cargo de la Administración General del Estado.